Correção, seu tema ainda era compatível com o XHTML 1.1 e o CSS 2.1, mas os plug-ins que você adicionou injetaram código adicional que não era compatível .
Infelizmente, não há uma maneira fácil de manter a conformidade se você estiver usando plug-ins. O melhor que você pode fazer é validar seu tema e todas as marcações pelas quais é pessoalmente responsável, depois esperar que outros desenvolvedores tenham dedicado tempo para validar seu próprio trabalho.
A alternativa é muito mais trabalho de sua parte - você ainda pode usar a funcionalidade principal dos plug-ins, mas não permitir que eles imprimam qualquer marcação no navegador. Adicione sua própria camada personalizada que solta tudo o que o plug-in toca e construa seu próprio buffer de saída. Esta é a maneira única de você ter controle sobre o estilo de marcação que está sendo enviado para o navegador.
Vários plug-ins estão começando a usar o HTML 5 ... outros estão tentando usar o CSS3. Se você instalar esses plug-ins e não tomar medidas para higienizar e validar sua saída, seu site deixará de validar corretamente.