A interface do usuário personalizada é ótima, pois melhora a experiência e facilita a tarefa. Afinal, um plugin estende o WordPress e, portanto, a maior parte do tempo estende a interface do usuário. Isso pode significar uma tela organizada de maneira completamente diferente de qualquer outra tela, mas se for lógica e compreensível, não há motivo para confusão.
Onde o estilo personalizado está sendo usado para "marcar" um plug-in, é apenas irritante e ingênuo. A interface de usuário personalizada deve respeitar a opção de cor do back-end de administração.
Eu prefiro muito mais plugins que possam ser confundidos com o núcleo, e isso deve ser o objetivo.
Portanto, respeite a interface do usuário principal, mas não fique restrito a ela.