Você pode remover as caixas meta padrão com remove_meta_box e adicioná-las novamente em uma posição diferente com add_meta_box:

add_action('do_meta_boxes', 'wpse33063_move_meta_box');

function wpse33063_move_meta_box(){
    remove_meta_box( 'postimagediv', 'post', 'side' );
    add_meta_box('postimagediv', __('Featured Image'), 'post_thumbnail_meta_box', 'post', 'normal', 'high');
}

A resposta acima é do seguinte tópico: Como alterar a posição padrão das caixas meta do WP?

UPDATE

Se a principal frustração é puramente a quantidade de caixas meta disponíveis, e você não acha que cada usuário precisa de todas as caixas, você pode ocultá-las de funções de usuário inferiores ou todas as funções usando o seguinte código adicionado ao arquivo functions.php . NOTA - Esse método simplesmente oculta a caixa meta e não os desativa ou remove.

//Hide Post Page Options from all except Administrator
if (!current_user_can('administrator')){
function hide_post_page_options() {
global $post;
$hide_post_options = "<style type=\"text/css\"> #wptotwitter_div, wpseo_meta, #al2fb_meta, #misc-publishing-actions .misc-pub-section label, #misc-publishing-actions .misc-pub-section #post-status-display, #misc-publishing-actions .misc-pub-section .edit-post-status, #visibility.misc-pub-section, .al2fb_post_submit, #slugdiv, #edit-slug-box, #screen-options-link-wrap { display: none; }</style>";
print($hide_post_options);
}
add_action( 'admin_head', 'hide_post_page_options'  );
}

//Hide Post Page Options from ALL users
function hide_all_post_page_options() {
global $post;
$hide_all_post_options = "<style type=\"text/css\"> #taxonomy-category li.hide-if-no-js, #commentstatusdiv, #wypiekacz_sectionid, #postexcerpt, #trackbacksdiv, #postcustom, #yarpp_relatedposts { display: none !important; }</style>";
print($hide_all_post_options);
}
add_action( 'admin_head', 'hide_all_post_page_options'  );

Basicamente, você só precisa inserir o id ou classe div separado por uma vírgula. Acabei de deixar o meu lá para mostrar que todos os tipos de meta caixas e áreas podem ser escondidos.

#wptotwitter_div - WP to Twitter plugin
#wpseo_meta - Wordpress SEO by Yoastplugin
#al2fb_meta, .al2fb_post_submit - Add Link to Facebookplugin
#misc-publishing-actions .misc-pub-section label, #misc-publishing-actions .misc-pub-section #post-status-display, #misc-publishing-actions .misc-pub-section .edit-post-status, #visibility.misc-pub-section - Default Wordpress Publish Status and Visibility
#slugdiv, #edit-slug-box - The post slug
#screen-options-link-wrap - The "Screen Options" tab at the top of the page
#taxonomy-category li.hide-if-no-js - The "Most Used" categories tab
#commentstatusdiv - The comments on the post
#wypiekacz_sectionid - Wypiekacz plugin
#postexcerpt - Post excerpt
#trackbacksdiv - Trackbacks
#postcustom - Custom post fields
#yarpp_relatedposts - Yet Another Related Posts Plugin

(eu coloquei os exemplos em "código" porque o SE usa # para representar um título)

Eu pensei em jogar isso para você porque, como você, eu fiquei extremamente frustrado com todas as caixas meta, mas no fim das contas eu acho que foi o grande número de caixas indesejadas. Para um "autor" no meu site, agora ele está muito simplificado: Título, Conteúdo, salvar como rascunho, publicar agora ou agendar para ser postado, tags, categorias e imagem em destaque ... Sem confusões.

Você analisou o plug-in Adminimize ?

Permite ativar / desativar caixas meta por função de usuário e também configurar a posição. Demora um pouco para configurá-lo e a documentação é decente, embora irregular em alguns lugares, mas deve ser capaz de lidar com o que você está descrevendo.