Os modelos são armazenados apenas como arquivos no sistema de arquivos. Eles não são armazenados no banco de dados, portanto, não há funcionalidade principal para os arquivos de modelo de versão. Quando você faz alterações, o arquivo é sobrescrito com as alterações.
O caminho mais fácil seria usar uma solução de controle de versão existente (SVN, CVS, Git, Hg, etc.) e manter o controle de versão separado do WordPress.