Use um andador personalizado , remova tudo o que você não precisa e adicione suas aulas. Aqui está um walker que eu uso para obter uma lista com marcação limpa: T5_Nav_Menu_Walker_Simple .
Você também pode filtrar 'nav_menu_css_class'
ou 'wp_nav_menu_items'
. Mas uma aula de walker é mais fácil de entender e controlar na minha opinião.