Você desejaria usar o operador NOT EXISTS
junto com a passagem do slug de taxonomia, que informa à consulta para não incluir nenhuma categoria escolhida da sua taxonomia personalizada dentro do loop.
Para excluir todas as postagens que estão na taxonomia "fruit" (independentemente do tipo de fruta), veja o snippet:
$args = array(
'post_type' => 'post',
'tax_query' => array(
array(
'taxonomy' => 'fruit',
'operator' => 'NOT EXISTS'
)
)
);
$query = new WP_Query( $args );