A resposta curta é que é possível. A resposta longa é que você provavelmente precisará ajustar um ou outro método de autenticação para usar as outras funções de scripts. Você também precisa alterar as seções de manipulação de sessão dos dois códigos para que um usuário faça o login em ambos ao efetuar login em um dos scripts. Isso pode ser extremamente complicado e exigirá uma verificação de quebra toda vez que a aplicação for alterada.
Uma terceira opção possível é adicionar um gancho aos métodos de criação de usuário dos dois scripts e adicionar o usuário ao aplicativo alternativo ao mesmo tempo. Você também precisaria atualizar a senha para o aplicativo alternativo ao mesmo tempo. O grande problema com esse método é que os usuários ainda precisariam fazer login nos dois aplicativos independentemente.