Altere seus argumentos para serem assim:
$meta_query = WC()->query->get_meta_query();
$meta_query[] = array(
'key' => '_featured',
'value' => 'yes'
);
$args = array(
'post_type' => 'product',
'stock' => 1,
'showposts' => 6,
'orderby' => 'date',
'order' => 'DESC',
'meta_query' => $meta_query
);
Se você vai para o wp-content / plugins / woocommerce / includes / class-wc-shortcodes.php (@ 595), você pode descobrir como é feito para os códigos de acesso do WC.