A saída de $ _SERVER ['SERVER_SOFTWARE'] é WebServerX
Parece o seu problema - confira esta linha em wp-includes/vars.php
:
/**
* Whether the server software is Apache or something else
* @global bool $is_apache
*/
$is_apache = (strpos($_SERVER['SERVER_SOFTWARE'], 'Apache') !== false || strpos($_SERVER['SERVER_SOFTWARE'], 'LiteSpeed') !== false);
Acho que você precisará substituir essa variável manualmente, seja em um plug-in ou no functions.php
:
global $is_apache;
$is_apache = true;
Adereços para @John P Bloch:
A única vez que ele adicionará automaticamente 'index.php' a um permalink é se $ is_apache retornar falso.