O código no link que você postou (usando pre_get_posts
) sempre mudará o número de posts_per_page para 3 se você estiver consultando postagens desse tipo. Então, uma solução melhor seria não usar esse código e simplesmente acima do seu código antes:
<?php while( have_posts() ) : the_post(); ?>
adicione:
if ( get_query_var('paged') )
$paged = get_query_var('paged');
elseif ( get_query_var('page') )
$paged = get_query_var('page');
else
$paged = 1;
query_posts(array('post_type' => 'video', 'posts_per_page' => '3', 'paged' => $paged ));
e isso afetará apenas essa consulta e nem todas as consultas desse tipo de postagem.
Atualização:
a estrutura do seu código deve ficar assim:
if ( get_query_var('paged') )
$paged = get_query_var('paged');
elseif ( get_query_var('page') )
$paged = get_query_var('page');
else
$paged = 1;
query_posts(array('post_type' => 'video', 'posts_per_page' => '3', 'paged' => $paged ));
while( have_posts() ) : the_post();
//MAIN LOOP...
endwhile; wp_reset_query();
next_posts_link(); previous_posts_link();
$custom_loop = new WP_Query( array('post_type' => 'video', 'posts_per_page' => '-1' ) );
while ( $custom_loop->have_posts() ) : $custom_loop->the_post();
//CUSTOM LOOP...
endwhile;
wp_reset_query();