Em suma, SIM , eles poderiam ter. Como qualquer outra coisa poderia ter sido implementada como tipo de postagem personalizada e / ou taxonomia personalizada.
Mas o WordPress é um sistema desenvolvido - agora com 9 anos de idade - e as coisas estão indo devagar para manter a maioria das coisas compatíveis com versões anteriores.
Em suma, com o WP 3.5, o Gerenciador de Links será movido para um plugin, como você pode ler no bilhete do trac.