Alternar o metabox do administrador com base no modelo de página escolhido

A melhor maneira de abordar essa situação é via JavaScript. Dessa forma, sempre que o valor selecionado for alterado, você poderá ocultar / mostrar instantaneamente o metabox relacionado.

Use wp_enqueue_script() em functions.php para carregar um arquivo JavaScript personalizado na área de administração:

add_action('admin_enqueue_scripts', 'my_admin_script');
function my_admin_script()
{
    wp_enqueue_script('my-admin', get_bloginfo('template_url').'/my-admin.js', array('jquery'));
}

O próprio script, que requer o jQuery, simplesmente oculta ou mostra um metabox com base no valor selecionado na lista suspensa do modelo de página. Neste exemplo, só mostro o metabox para postar miniaturas, caso o modelo de página padrão esteja selecionado:

(function($){
$(document).ready(function() {

    var $page_template = $('#page_template')
        ,$metabox = $('#postimagediv'); // For example

    $page_template.change(function() {
        if ($(this).val() == 'default') {
            $metabox.show();
        } else {
            $metabox.hide();
        }
    }).change();

});
})(jQuery);

E, apenas por diversão, aqui está uma versão mais curta e menos detalhada do mesmo script:

(function($){
$(function() {

    $('#page_template').change(function() {
        $('#postimagediv').toggle($(this).val() == 'default');
    }).change();

});
})(jQuery);

Em vez de renderizar o metabox apenas para ocultá-lo com jQuery, você pode usar isso. A única diferença é que a ocultação / exibição do metabox requer a seleção de 'Atualizar' depois de alterar o campo suspenso.

function add_meta_box() {
    global $post;
    if(!empty($post)) {
        $pageTemplate = get_post_meta($post->ID, '_wp_page_template', true);

        if($pageTemplate == 'your-page-template-here.php' ) {
            add_meta_box( $id, $title, $callback, 'page', $context, $priority, $callback_args );
        }
    }
}
add_action( 'add_meta_boxes', 'add_meta_box' );

Atualize as linhas 6 e 7 conforme desejado.