Você pode filtrar o objeto $phpmailer
. Algo como isso deve fazer o truque (não testado):
add_action( 'phpmailer_init', 'wpse_52555_msg_id' );
function wpse_52555_msg_id( &$phpmailer )
{
$msg_id = get_post_meta( get_the_ID(), 'messageID', TRUE );
'' !== $msg_id and $phpmailer->MessageID = $msg_id . '@test.com';
}