Encontrei a resposta. Eu não tinha executado o plug-in de mapeamento de domínio antes de alterná-lo para um domínio personalizado. Então, os passos corretos devem ser assim:
- Criar novo site como um subdomínio (site.example.com)
- Point sub-domain at root (example.com)
- Aponte o domínio personalizado (site.com) na raiz (example.com)
- Visite a página de administração para o subdomínio (site.example.com)
- Adicionar domínio personalizado (site.com) ao plug-in de mapeamento de domínio
- Visite o domínio personalizado (site.com)
Esqueci o passo 5 e tentei apenas editar o site para estar no domínio personalizado em vez do subdomínio.