Não há índice porque a necessidade nunca foi strong o suficiente.
Em ticket # 14258 foi sugerido, mas como a maioria das opções usa autoload=yes
por padrão, o índice seria ignorado de qualquer maneira.
Existe também o ticket ainda aberto # 24044 _Adicione o índice a wp_options para ajudar / melhorar o desempenho_ .
Acho que você deve criar um índice. Ele sobreviverá às atualizações. Pode não ajudar no seu desempenho, mas você pode adicionar dados estatísticos reais a esse ticket.