O código que você postou funciona bem e resulta nisso na saída HTML:
<script type='text/javascript' src='//maps.googleapis.com/maps/api/js?sensor=false&ver=3'></script>
Testado no WordPress 3.5 com este snippet de código:
add_action('wp_enqueue_scripts', 'test');
function test() {
wp_enqueue_script('google-maps', '//maps.googleapis.com/maps/api/js?&sensor=false', array(), '3', true);
}