Eu sei exatamente como você se sente e, infelizmente, esse problema está enraizado no código principal do wordpress, não no TinyMCE ou devido a problemas de compatibilidade do navegador. Eu escrevi um plug-in que permite formatar a marcação html no editor de HTML, alternar entre ela e a guia Visual sem afetar o código-fonte e fazer alterações na guia Visual sem quebrar a formatação HTML original ...
Ele também preserva recortes tabulares - apenas 4 espaços :( - e aumenta a compatibilidade com HTML5.
A única "armadilha" é que desabilita o wpautop. Cito a armadilha porque algumas pessoas odeiam que o editor coloque tags p em torno de seu conteúdo, e como resultado, o editor Visual usará br tags para retornos de carro - assim, talvez seja necessário ajustar suas folhas de estilo.
Aproveite!