Até onde o WordPress está preocupado - sua matriz multidimensional é uma opção .
Para atualizar apenas parte do array multidimensional é necessário recuperar o array inteiro, alterá-lo de acordo e então atualizar o array inteiro.
Suponha que sua matriz multidimensional seja a seguinte:
my_options = array(
'option_a'=>'value_a',
'option_b'=>'value_b',
'inner_array'=>array(
'foo' => 'bar',
'hello' => 'world',
),
'option_c'=>'value_c'
)
E suponha que você queira atualizar o valor da opção 'olá' de 'mundo' para 'lua'
//Get entire array
$my_options = get_option('my_options');
//Alter the options array appropriately
$my_options['inner_array']['hello'] = 'moon';
//Update entire array
update_option('my_options', $my_options);