Atualização : O motivo pelo qual a consulta está sendo registrada é não usa um índice . O tempo de consulta é 0, ou seja, ele é executado de maneira rápida. Você pode desconfigurar a opção "log-queries-não-usando-índices" se você não quiser que estes sejam registrados.
A tabela wp_options não possui índice no carregamento automático, portanto, a consulta acaba fazendo uma varredura completa da tabela. Em geral, essa tabela não deve ficar muito grande, então não é um problema, mas acho que de alguma forma isso aconteceu no seu caso.
Adicionar um índice pode resolver o problema, mas como TheDeadMedic apontou nos comentários, pode ser que os valores de autoload sejam maioritariamente sim ou distribuídos uniformemente entre sim e não:
Primeiro, faça essa consulta para ver como é a distribuição:
SELECT COUNT(*), autoload FROM wp_options GROUP BY autoload;
se a grande maioria deles estiver configurada como 'no', você poderá resolver o problema adicionando um índice no autoload.
ALTER TABLE wp_options ADD INDEX ('autoload');
No entanto, você pode querer entender por que essa tabela ficou muito grande. Possivelmente algum plugin mal escrito fazendo algo suspeito.