Usar uma classe para encapsulamento é uma abordagem muito comum de vários desenvolvedores de plug-ins. Eu faço isso e acho mais limpo. Mas para plugins. Os temas são mais processuais por natureza.
Não fazemos isso para os temas padrão do WordPress, porque aumenta a barreira para a entrada. As funções são bem simples. Remover ações vinculadas a classes pode ser difícil (e potencialmente problemático em circunstâncias específicas).
Além disso, várias funções nos temas padrão são conectáveis. Estender uma classe e substituir os métodos é muito mais complicado do que apenas definir a função. E, embora dois aspectos diferentes do código possam substituir funções diferentes, não é possível estender dinamicamente as classes. Como você apontou, a necessidade de estender uma classe pai é definitivamente uma desvantagem.
Eu considerei fazer as opções de tema do Twenty Eleven codificarem uma classe, mas nunca cheguei a ela. Esse tipo de funcionalidade separada de plug-in parece ser um bom candidato para o encapsulamento.