Você conseguiu colocar o editor em funcionamento sem incluir seu javascript? Nesse caso, tente criar um modelo que inclua um editor de tinym de trabalho e, em seguida, reescreva seu javascript para copiar esse modelo usando o argumento WithDataAndEvents
do jQuery Função clone()
definida como verdadeira.
Por exemplo:
$('.cloner').click(function(){
$('.container').append($('.template').clone(true).removeClass('hidden'));
});